Trong khi trồng thủy canh hay trồng trên giá thể dễ dàng kiểm soát sâu bệnh, cung cấp dinh dưỡng và cho năng suất cao hơn hẳn, để trồng trọt hữu cơ cho đến hiện tại bạn buộc phải trồng trên đất.

Không phải ngẫu nhiên mà các loài sinh vật đầu tiên xuất hiện ở biển nhưng thực vật phát triển mạnh mẽ, đa dạng và phát tán rộng khắp là ở trên đất liền. Người ta gọi đất mẹ không phải là ngẫu nhiên.

Để trồng hữu cơ trước hết phải chọn được mảnh đất tốt. Đất tốt ở đây bao gồm phải cách xa khu công nghiệp, khu dân cư, sân bay, các khu vực canh tác tiện lợi (sử dụng hóa chất) để tránh nguy cơ bị ô nhiễm từ các vùng lân cận lây sang.

Tiếp theo, người trồng rau phải lấy mẫu đất, mẫu nước ngầm ở mảnh đất này đem đi phân tích các chỉ tiêu như độ pH, kim loại nặng, chỉ số COD, BOD,... xem có đạt tiêu chuẩn canh tác hay không. Nếu không đạt thì phải có cách xử lý, nếu xử lý khó quá thì ... chuyển qua tìm mảnh đất khác. Do khó như vậy nên để trồng hữu cơ tại Việt Nam, người ta thường phải đi về các vùng sâu, vùng xa những nơi ít bị tác động bởi con người, bởi công nghiệp và ô nhiễm.

Trong quá trình tìm kiếm đất sạch này, nhiều người chọn mua đất rừng để làm trang trại. Đây là điều không được phép trong canh tác hữu cơ. Phá một hệ sinh thái cân bằng và ổn định để trồng rau hữu cơ thì dù với bất cứ lý do gì cũng không được phép.

Tiếp nữa, mảnh đất phải được bỏ hoang hoặc có quá trình chuyển đổi sang canh tác hữu cơ trong vòng 2-3 năm. Trong khoảng thời gian đó, người nông dân phải trồng các cây họ đậu để tăng độ dinh dưỡng cho đất và tuyệt đối không được sử dụng các chất hóa học.

Cùng với thời gian, quá trình canh tác hữu cơ sẽ giúp cho đất đai trở nên tơi xốp và màu mỡ hơn. Những mảnh đất khô cằn sẽ biến thành vùng đất phì nhiêu, màu đất chuyển từ bàng bạc sang đất màu đen. Cỏ, trong canh tác hữu cơ, là một phần tất yếu mà các trang trại sẽ phải sống chung. Nhưng cũng như ông bà ta xưa kia, làm đất thật kỹ, có thời gian cách lý, phơi nắng và chăm chút, cỏ dại sẽ ít dần và kiểm soát được chứ không như thời gian đầu.

Và bên dưới lớp đất mới kia là cả một thế giới của sự sống. Sau mỗi lần thu hoạch rau, đất được cày lên để chuẩn bị cho vụ tới. Chúng ta dễ dàng bắt gặp những con giun, con bọ sống dưới tầng đất lộ ra dưới ánh mặt trời.

Sự sống phong phú, đa dạng và lạ kỳ. Mỗi sinh vật sống trên trái đất này bởi vì có lý do của nó. Một mảnh đất không dùng hóa chất sẽ có nhiều giun đất hơn, và khi có nhiều giun đất hơn thì đất tốt hơn, cây cối sinh sôi phát triển khỏe mạnh hơn và ít sâu bệnh hơn.

Trồng cây trên đất có nhiều ưu điểm mà các loại trồng trọt khác như thủy canh, khí canh không thể có được. Đó chính là mùi vị của các loại rau, trái cây từ cây trồng trên đất thơm ngon hơn, đậm đà hơn. Có thể giải thích rằng đất là vật chất chứa hàng ngàn loại khoáng chất khác nhau chia thành đa, trung và vi lượng. Không một loại dung dịch dinh dưỡng nào trong thủy canh có thể đầy đủ dưỡng chất như trong đất. Có những vi chất chiếm một tỉ lệ vô vùng nhỏ trong đất nhưng lại tạo nên hương vị đặc trưng cho một loại cây trồng cụ thể. Vì vậy, trồng cây trên đất có hương vị hơn, đặc trưng hơn các phương thức canh tác khác.